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應用領域在醫藥上的應用：主要用于五官科多種粘膜如副、、急、、、滲出性，以及皮膚科如、、等，亦用于性、性、等。本品與藥物同用效果更好。在生物技術中應用：溶菌酶具有破壞細菌細胞壁結構的功能，用溶菌酶處理G+細菌可以在破壞細胞壁后得到原生質體，所以廣泛用于生物技術中，成為基因工程、細胞工程中細胞融合操作必不可少的工具酶。在水產品和肉類制品中的應用：針對溶菌酶無毒、無害的特性，同時對G+細胞壁的分解作用，應用于水產品和肉類制品中，在保證食品原有營養成分不受損失的前提Chemicalbook下，可以對水產品和肉類制品起到保鮮和防腐作用；利用溶菌酶與氯化鈉和亞硝酸鹽聯合應用，可以延長肉制品的保質期，其防腐效果比單獨使用時效果更好；試驗用0.05%的溶菌酶與植酸聚合磷酸鹽、甘氨酸等配合使用，作為防腐劑和保鮮劑可以對海產品和水產品延長儲存期。在其他食品中的應用：奶油蛋糕是容易腐敗變質的食品之一，在糕點中加入溶菌酶，可防止微生物引起的腐敗變質現象發生；將溶菌酶應用于食物的保鮮中，其效果也極為明顯。同時根據溶菌酶無毒、無害且有保健作用，有抗和增強抗生素的效力，以及促進及止血和組織再生作用，現在有人嘗試在食品中作為添加劑增強食物的保健。